Changements importants chez LIGIER pour cette nouvelle saison, le moteur V6 RENAULT qui propulsait les voitures bleues depuis trois ans est remplacé par le 4 cylindres ALFA ROMEO, PIRELLI met un terme à sa participation en Formule 1 et Gérard Larousse le directeur sportif de l'équipe est parti pour créer son équipe.
. Coté pilote, René Arnoux est confirmé et épaulé par, ALFA oblige, l'Italien Pier Carlo GHINZANI.
Insuffisamment remis de ses blessures et ne voulant plus prendre les risque qu'impose le pilotage d'une F1, Jacques Laffite ne pilotera plus dans la formule reine. Guy Ligier lui propose une reconversion au sein du team LIGIER.
Coté technique, Michel TETU et ses adjoints sont partis d'une feuille blanche tout en cherchant à éliminer les principaux défauts recensés sur la JS 27 , l'excés de poids et le manque de rigidité de la partie avant de la coque. La grosse inconnue pour cette saison demeure l'utilisation du tout nouveau moteur Alfa-Roméo.
Dès les premiers tours de roues de la JS29, les moteurs cassent comme du verre et empêchent l'équipe LIGIER de réaliser son programme de tests.
Vendredi 27 mars 1987, le groupe FIAT nouveau propriétaire d'Alfa, suite à des déclarations tapageuses d'Arnoux concernant la fiabilité du moteur, casse l'accord qui les lie à LIGIER.
Dans l'urgence, Guy se retourne vers la seule solution technique qui ne remet pas en cause l'ensemble de la conception de son chassis, soit un moteur 4 cylindres en ligne, le BMW MEGATRON.
L'équipe de Michel TETU modifie son chassis qui devient JS29B afin de l'adapter dans l'urgence au moteur MEGATRON. La JS29B est lourde et les suspensions non adaptées. Pour le grand prix de FRANCE lIGIER sort la JS29C avec laquelle ils cherchent à gommer ses défauts, sans grand succés.
Et dès le mois d'aout, LIGIER doit économiser ses moteurs afin de tenir son budget moteur qui est largement dépassé. Les résultats sur la piste sont catastrophiques.