Après une saison pleine de promesses, l'équipe LIGIER passe une inter-saison pleine d'incertitudes. Cyril DE ROUVRE le principal actionnaire et directeur de l'équipe est emprisonné suite à des soupçons de malversation et de fraude.
Les rumeurs les plus folles circulent quant au rachat de l'équipe par Flavio BRIATORE directeur de l'équipe BENETTON pour son propre compte, par Alain PROST jeune retraité de la formule 1, par un groupe d'investisseurs sous le couvert de Philippe STREIFF ex pilote LIGIER, ou par Gérard LAROUSSE patron de l'équipe portant son nom. Et pendant ce temps là, l'équipe technique sous la houlette de Gérard DUCAROUGE, faute de budget et de dirigeant, ne peut lancer le programme JS41 dont les plans sont quasiment terminés.
La JS39 tourne en essais privés, et même pas mal, permettant aux techniciens de l'équipe d'améliorer autant que faire se peut le matériel de 1993. Pour 1994, la JS 39 reprendra la piste avec quelques améliorations au niveau de l'aérodynamique et des supensions et l'intégration du nouveau moteur RENAULT RS6.